Первые католические миссии начали действовать в Москве в XVI веке, когда Иван Грозный разрешил иностранным торговцам и дипломатам свободно отправлять свои религиозные службы. Первоначально католическая община была представлена иностранцами, такими как немцы, поляки и французы, работавшими в России.

В 1680-х годах в Москве при покровительстве царевны Софьи Алексеевны миссионерствовали несколько иезуитов и францисканцев, прибывших под предлогом окормления иностранцев-католиков, находившихся на русской службе.

В 1685 году иезуиты открыли в Москве школу для дворянских детей, где помимо детей католиков обучались латинскому языку и православные дети дворян.

В конце XVII века возникла русская католическая община диакона Петра Артемьева, вероятно, первого русского Нового времени, принявшего католичество. Во второй половине XVIII - XIX вв. католическая община в Москве значительно выросла. Были построены такие крупные храмы, как храм Петра и Павла и храм святого Людовика.

После Октябрьской революции 1917 года католические храмы подверглись репрессиям и закрытию. Многие священнослужители были арестованы, имущество конфисковано, а сами храмы использовались для различных целей, включая склады и административные учреждения. Лишь в 1990-е годы началась постепенная реабилитация католических структур, и некоторые храмы вернулись в пользование католической общины