К началу девяностых годов XIX века главный католический храм Смоленска во имя Рождества Пресвятой Богородицы стал тесен вследствие роста числа прихожан. Возникла необходимость строительства нового, более вместительного храма, строительство которого началось в 1894 г.

В 1896 г храм размером рассчитанный на 3000 прихожан был построен.

29 июня 1898 г. в день апостолов Петра и Павла, состоялось освящение нового храма епископом.

В начале XX века приход насчитывал 9000 верующих. К храму прилегали более 8 гектаров земельных угодий с множеством строений.

В 1898 г. при приходе было создано католическое Общество пособия бедным. Помощь нуждающимся выражалась в снабжении одеждой, пищей, приютом, в медицинском обеспечении, и т.д. При церкви действовали также три сиротских приюта, 2 богадельни - мужская и женская, а также мастерские.

В приютах работали монахини конгрегации Пречистого Сердца Пресвятой Богородицы. Одним из главных спонсоров в этих делах была дворянская семья Комаровских.

После Октябрьской революции из всех культовых учреждений, включая католические храмы, были изъяты метрические книги. Летом 1921 года, с началом голода, началось изъятие церковных ценностей. Из храма изымались все золотые и серебряные изделия – пожертвования прихожан.

Поначалу власти не чинили католикам каких-либо препятствий. Но в 1936 году был арестован настоятель – отец.И.Жолнерович. Богослужения в церкви прекратились. С 1937 года богослужения были запрещены «по техническим причинам», в регистрации священникам отказывали. Все эти годы продолжал действовать церковный совет, немало прихожан за свое мужество заплатили жизнью во времена сталинских репрессий.

К концу 1939 года католической общины не существовало. 14 января 1940 года решением Смоленского облсовета храм был закрыт, а здание передано архиву НКВД.

Только 26 ноября 1991 г. приход был возрожден. Богослужения старли проходить регулярно на квартирах прихожан. Их проводили католические священники, которые приезжали в Смоленск из Могилева.

В 1992 г. богослужения стали совершаться в маленькой часовне, устроенной в здании кладбищенской усыпальницы, на втором этаже, которой поначалу жили монахини, а затем поселился настоятель.

В 1997 г. была построена приходская часовня, в которой богослужения проводятся в настоящее время.

В настоящее время католическая община состоит из людей разных национальностей. Это и белорусы, и поляки, и русские, а также немцы, литовцы, ассирийцы. Некоторые верующие приезжают из многих населенных пунктов Смоленской области, где ранее были приходы и храмы, и из тех, где их никогда не было. Постоянные прихожане - граждане Российской федерации, кроме этого есть еще и студенты - иностранцы из разных ВУЗов города и католики разных стран которые временно проживают в РФ.

Переписку по вопросу возвращения храма приход ведет в течение 26 лет с момента возобновления его деятельности. В органы власти разного уровня – от местных властей до Правительства и Президента - было направлено около сотни обращений с просьбой о передаче храма, но они оказались тщетными.